O Conselho Executivo da INA é formado por Presidência, Diretoria Executiva, Tesouraria, Secretaria e as Coordenações, nas quais @s associad@s participam de acordo com seus interesses. São elas:
Coordenação de Políticas para Servidores
Atua na reivindicação de melhorias na qualidade de vida de servidores e na defesa dos direitos dos servidores públicos, especialmente no âmbito da Funai, seja através de projetos de lei, processos judiciários e articulação e mobilização política e social
Coordenação de Política Indigenista
Atua na promoção e defesa dos direitos dos povos indígenas, através da articulação com entidades dos movimentos indígenas e indigenistas, da elaboração de manifestos e da participação em mobilizações sociais.
Coordenação de Comunicação
Atua na comunicação interna e externa da INA, mantendo os associados informados, e divulgando e articulando para a visibilidade das ações desenvolvidas e documentos produzidos, através de site, boletins, etc.
Coordenação de Articulação Nacional
Atua na comunicação e articulação política entre associados e na filiação de novos associados.